La JND se integra por los titulares de las Subsecretarías de los Ministerios de Interior, Relaciones Exteriores, Economía y Finanzas, Defensa Nacional, Educación y Cultura, Trabajo y Seguridad Social, Salud Pública, Turismo y Desarrollo Social. Es presidida por el Prosecretario de la Presidencia de la República y además la integran el Secretario General de la Secretaría Nacional de Drogas y el Secretario Nacional para la Lucha Contra el Lavado de Activos y el Financiamiento del Terrorismo.