Codificación refiere al tipo de actividad que hace explícita la información estructural, de diseño, semántica u otro tipo sobre una parte específica de un documento añadiendo marcado en su transcripción (inline o stand-off). Es parte de una actividad mayor de edición académica de fuentes textuales, musicales u otras. Se basa en una transcripción del documento (el resultado del reconocimiento de datos) y guiado por un modelo del documento (el resultado del modelado). Existe una codificación muy simple como la transformación de imágenes visuales o entidades conceptuales en palabras, oraciones, textos. Y una más compleja, que implican códigos compartidos por menos interlocutores, como puede ser un mensaje cifrado o información emitida en determinados códigos.