La pesca può avere svariati effetti negativi sull'ambiente: effluenti e rifiuti dagli allevamenti ittici possono causare danno ai pesci, alle foche e ai molluschi. I prodotti chimici impiegati dagli allevatori per combattere le pulci di mare rappresentano anch'essi un pericolo per la fauna marina. La cosiddetta pesca accessoria, la cattura accidentale di specie non commerciali nelle reti a strascico, l'impiego della dinamite e del cianuro sono responsabili della morte accidentale di molte specie marine e favoriscono il pericolo di estinzione di alcune specie.